겨울철에는 일교차가 심하고 보온 위주의 재배 환경관리에 의해 시설 내부 습도가 높아지기 쉬우며 아침·저녁으로 비닐에 물방울이 맺히는 시간이 길어져 병 발생이 심해질 수 있다.
이런 환경에서 최근 비가 자주 내리고 흐린 날이 많아지면서 딸기 재배 하우스에 가장 주의해야 할 병해로 잿빛곰팡이병을 들 수 있다. 잿빛곰팡이병은 과실과 꽃받침, 열매꼭지, 잎, 잎자루 등 지상부위에 주로 피해가 나타나며, 특히 과실에 가장 많이 나타나는 경향이다.

시설재배 토마토에 나타나는 병해충으로는 잎마름역병, 토마토황화잎말림바이러스병, 토마토 총채벌레 등이 있다. 토마토 잎말림역병은 물을 많이 주어 습도가 높거나 환기부족일 때 많이 발생하게 되는데, 저온다습 조건에서는 2~3일 만에 전 포장으로 번질 만큼 확산속도가 매우 빠르다. 병 초기 수침상 병 무늬가 나타나기 시작하여 열매에 침입하면 암갈색 부정형 병반이 생기면서 쭈그러져 상품성을 잃게 된다.
예방법은 질소질 비료를 너무 많이 사용하지 말아야 하고, 배수가 잘되도록 관리해서 하우스 내부 습도가 높지 않게 관리해야 한다. 특히 육묘기에 취약하기 때문에 정식 초기에 유의해야 하는 병이다. 토마토황화잎말림바이러스병은 담배가루이가 매개 충으로 담배가루이를 철저히 방제하는 것이 병을 막는 가장 좋은 방법이다.
토마토 총채벌레는 반점위조바이러스를 옮기는 매개 충으로 알려져 있어 더욱 주의해야 하는 해충이다. 대만총채벌레, 꽃노랑총채벌레, 오이총채벌레 등이 있으며 모두 토마토를 가해하는 해충이다. 방제법으로는 황색유인트랩을 이용하여 예찰을 하고, 잎 뒷면에 숨어있기 때문에 방제를 할 때는 뒷면까지 약제 살포를 하면서 시설하우스 주변의 잡초를 제거하여 서식지를 없애 주어야 한다.
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