정부의 2026년 세제개편안이 시행되면 공공주택과 철도·도로·공항 등을 담당하는 주요 공공기관의 종합부동산세 부담이 상당폭 늘어날 것으로 전망됐다.
김정재 국민의힘 의원(포항·북구)이 국토교통부 산하 공공기관과 수도권 지방공기업으로부터 제출받은 자료에 따르면 2025년 보유자산과 공시가격·공시지가를 그대로 유지하더라도 다수 기관의 종부세 부담이 2028년까지 증가하는 것으로 나타났다.
정부는 지난 9월 1일 국무회의에서 2026년 세제개편안을 확정했다.
당초 종부세 세부담상한을 현행 150%에서 200%로 높이는 방안은 철회했지만, 주택분 공정시장가액비율 상향과 세율체계 개편, 종합합산토지 세율 인상 등은 정부안에 포함됐다.
기관별로는 한국철도공사의 증가 폭이 가장 컸다. 철도공사의 종부세 부담은 2025년 1128억원에서 2028년 1538억원으로 410억원(36.3%) 늘어날 것으로 전망됐다.
이 가운데 406억원은 종합합산토지 세율 변경에 따른 증가분으로 분석됐다.
인천국제공항공사는 같은 기간 474억8000만원에서 611억8000만원으로 약 137억원, 한국도로공사는 441억3000만원에서 570억8000만원으로 129억5000만원 각각 증가할 것으로 추산됐다.
공공주택 분야에서도 부담 증가가 예상됐다. LH는 2025년 349억원에서 2028년 477억6000만원으로 128억6000만원(36.8%) 늘어날 것으로 분석됐다.
SH공사는 165억8000만원에서 235억9000만원으로 42.3%, GH는 80억7000만원에서 123억8000만원으로 53.4% 증가할 것으로 전망됐다.
이 밖에 JDC는 2025년 약 142억3000만원에서 2028년 192억5000만원으로, LX는 2028년 40억6500만원으로 각각 종부세 부담이 늘어날 것으로 나타났다.
한국부동산원 역시 5억1500만원에서 6억800만원으로 증가할 것으로 추산됐다.
이번 수치는 기관별 자산 변동이나 공시가격·공시지가 상승을 배제하고 2025년 과세자료를 기준으로 세제개편에 따른 제도 변화만 반영한 결과다.
다만 국가철도공단의 경우 2025년 8억8700만원에서 2028년 47억8300만원으로 부담이 크게 늘지만, 고속철도 건설사업용 토지의 재산세 감면 축소 등 이번 세제개편과 직접 관련이 없는 요인도 포함돼 있어 다른 기관과 단순 비교하기는 어렵다.
김정재 의원은 “공시가격 상승 등을 제외한 조건에서도 주요 공공기관의 종부세 부담이 증가한다”며 “세 부담 확대가 공공기관의 투자 여력과 사업비에 영향을 미칠 가능성이 있다고” 지적했다.
특히 “공공주택 공급과 철도·도로·공항 등 공공서비스에 미칠 영향을 국회 심사 과정에서 살펴보겠다”고 밝혔다.
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